Вероятно, во время правления Улугбека внутри центрального помещения была поставлена и ажурная резная решетка из мрамора, при нем же над склепами было устроено несколько вторичных надгробий. В 1425 году, во время похода против монголов, находившихся в верховьях реки Или, Улугбек приказал взять два найденных больших куска темно-зеленого нефрита и доставить их в Самарканд. Здесь их подогнали один к другому, придали форму надмогильного камня и положили в качестве наружного надгробия Тимура.
В июне 1941 года в Самарканде работала археологическая экспедиция Академии наук Узбекской ССР, которой руководил профессор Т.Н. Кары-Ниязов. В задачи ученых входило вскрытие могил Тимура и других представителей этой династии, и археологи с волнением приступили к работе. В огромном саркофаге (2 х 0,75 м), сложенном из массивных мраморных плит, находился деревянный, дочерна потемневший, но довольно хорошо сохранившийся, гроб, покрытый золотошвейным парчовым покрывалом. Из стального в деревянный гроб тело Тимура в свое время переложили тоже по повелению Шахруха, и это более соответствовало строгим правилам ислама, ревнителем которых он был.
С величайшими предосторожностями вскрывали ученые и саркофаг Улугбека — великого ученого Средневековья. Поднимая многопудовую крышку саркофага, ученые очень волновались: окажутся ли в нем останки правителя Самарканда, убитого по приказанию его сына. Тело Улугбека поспешно закопали возле селения, где он был предательски убит, а голову убийцы унесли, и она была выставлена на входной арке построенного им на площади Регистан медресе. Но, к великой радости ученых, череп великого астронома лежал на небольшой глиняной подушечке, аккуратно приставленной к костям плеч. Вероятно, во времена правления Абдуллы (племянника Улугбека) останки ученого перенесли в Гур-эмир и погребли в ногах Тимура. Тогда же на склеп положили намогильную плиту, в надписи на которой упомянули, что Улугбек погиб от рук отцеубийцы.
Могила Улугбека представляет собой каменный ящик, стенки которого вытесаны из одного куска серого мрамора. И погребение это было единственным из пяти вскрытых, где покойный оказался одетым. Мусульманский ритуал не допускает никаких одежд на усопшем, кроме савана. И только в тех случаях, когда человек умирает насильственной смертью и становится шахидом (мучеником), его погребают в той одежде, какая была на нем в момент смерти.
На саркофаге Тимура ученые прочитали, что это — гробница великого, милостивого хана, эмира Тимура Гурагана, эмира Тарагая, сына… и т. д. — до девятого колена, в котором родословная Тимура имеет уже общего предка с родом Чингисхана. А далее приводится родословная последнего — вплоть до легендарного сказания о непорочном зачатии одного из предков Чингисхана некоей женщиной по имени Аланкуви, «которая отличалась честностью и безукоризненной нравственностью». Однажды она забеременела от волка (по другой версии — от солнечного луча), проникшего к ней через отверстие над дверью. Приняв образ человека, волк объявил, что он — «потомок повелителя правоверных Али, сына Абу-Талиба». «Это показание, данное Аланкуви, принято за истину. Достохвальные потомки ее будут веками владеть над миром». Так написано на надгробном камне Тимура — знаменитом темно-зеленом, почти черном нефрите.
Нефрит — камень победителей, но Тимур не выбирал его для своего надгробия. Да и мавзолей, как указывалось выше, строил не для себя: прежде него здесь упокоились его потомки — и как раз те, на кого он возлагал большие надежды. Но после смерти Тимура мавзолей Гур-эмир стал почитаться именно его усыпальницей. «Здесь лежит бог войны — просьба не беспокоить». Так толковалась надпись на мозаичной плите над восточным входом в мавзолей, устроенным Улугбеком, хотя буквально таких слов на плите нет.
Но в 1740 году дух Тимура все же потревожили: по приказу персидского шаха Надира, разгромившего Бухарское ханство,[35] камень вывезли как трофей. Но лишь закончились победные торжества, как страх перед возмездием потревоженного духа войны заставил победителей вернуть нефритовую плиту на место. В начале XX века потревожили и надпись над входом в Гур-эмир. Духовные и светские чиновники Самарканда, обязанные заботиться о поддержании мавзолея в порядке, во время ремонта изъяли плиту с надписью и продали ее турецким купцам. И что удивительно — в Самарканде даже не заметили пропажи! Обратил на это внимание только заезжий европейский ученый-востоковед, который знал, что она должна здесь быть. Но когда он захотел полюбоваться на нее, то никак не мог найти… А турки тем временем за весьма приличные деньги продали плиту в Берлинский музей. Петербург, узнав об этой сделке, стал требовать возвращения реликвии, так как усыпальница Тимура тогда находилась уже в пределах Российской империи. Немцы в конце концов плиту отдали, правда, удержав с России 6000 марок. Но на прежнее место плиту не поставили, рассудив, что ей надежнее находиться в Эрмитаже.
Всё это «дух войны» переносил с мрачным терпением, так как прах Тимуридов покоился не прямо под каменными надгробиями: они лишь повторяли контуры могил, расположенных ниже. Но дошла очередь и до них. Как указывалось выше, летом 1941 года в Самарканде работала научная археологическая экспедиция, которая и вскрыла гробницу Тимура — 18 июня…
Древних захоронений на территории Новодевичьего монастыря не сохранилось, за исключением нескольких закладных плит XVIII века. Единственная дошедшая до нашего времени могила принадлежит первой игуменье монастыря Елене Девочкиной. Расположена она у апсиды северного придела Смоленского собора, на закладной доске видна надпись:
«В лето 1524 г. Князь великий Василий Иванович воздвиже сию пречистую обитель, в ней же храм Пречистой Богородицы Смоленские и собра инокинь девического чину множество, им же бысть начальница благоверная и благочинная сия схимонахиня Елена Семеновна дочь, зовомая Девочкина и в сей обители преставися с миром в лето 1548…»
Елена Девочкина в старинных письменных святцах причислена к московским святым, рядом с ней впоследствии были погребены ее преемница схимонахиня Домникея и послушница Феофания. Перед их гробницей — каменная плита, вделанная в алтарную стену.
Со временем в монастыре стали хоронить представителей феодальной знати и лиц духовного звания, а позднее и лиц других сословий. В Отечественную войну 1812 года французы, оставляя Москву, готовились взорвать Новодевичий монастырь. Поставлены были бочонки с порохом, к которым уже и фитили были подведены. Уходя из монастыря, французы зажгли фитили, и обители грозило полное разрушение. Оставались какие-то секунды, но мужественная казначея Сарра с несколькими послушницами залили водой и фитили, которые уже подбирались к пороху, и загоревшийся в некоторых кельях пол. В память спасения обители от разрушения в трапезной Успенской церкви был устроен особый придел и учрежден благодарственный ежегодный крестный ход. Близ Успенского собора находится и могила казначеи Сарры Николаевны, скончавшейся на 75-м году жизни в марте 1840 года.
Из захоронений XIX века на территории монастыря сохранились могилы участников Отечественной войны 1812 года, декабристов, ученых, литераторов, государственных и военных деятелей. Среди одиннадцати участников войны с Наполеоном, могилы которых сохранились до нашего времени, Денис Давыдов — один из самых известных героев. Поэт — создатель романтической гусарской лирики, он был также автором военно-исторических и теоретических трудов («Опыт теории партизанского действия», «Тильзит в 1807 году»), политических басен («Голова и ноги» и др.). В 1957 году на его могиле был установлен бронзовый бюст, выполненный скульптором Е. Рудаковым. И установлен он позади сохранившегося постамента старого надгробия, завершавшегося первоначально крестом с распятием.
Два других участника войны 1812 года — из рода князей Волконских. Сергей Александрович был капитаном московского ополчения, за отличие в сражении произведен в майоры, а в 1814 году стал комендантом города Реймса, занятого русскими.
Генерал-лейтенант Дмитрий Михайлович был участником еще суворовских походов. Он умер в 1835 году и погребен в семейном мавзолее, возведенном из крупных плит белого известняка в первой половине XIX века. Несмотря на свои небольшие размеры, мавзолей этот очень торжествен и выглядит монументально. В науке есть предположение, что мавзолей Волконских является произведением знаменитого Д. Жилярди, много строившего для представителей этого княжеского рода.
О воинском пути генерала от инфантерии В.И. Тимофеева напоминают резные надписи: «Прейсиш-Эйлау», «Кенигсберг 1807», «Бородино 1812», «Замостье 1831». Они симметрично расположены по сторонам портретного барельефа в овальном медальоне на беломраморном саркофаге, увенчанном фигурами склоненных воинов. К сожалению, утрачены беломраморная урна и ограда, представлявшая собой цепи, укрепленные на врытых в землю пушках.