Какие же ошибки Антонова-Овсеенко партийные функционеры относили к "троцкистским"? Оказывается, 31 января 1936 года на общем собрании сотрудников Наркомюста РСФСР Антонов-Овсеенко, развивая тезис о том, что классовая борьба внутри страны не завершилась, сказал, что еще "существуют классовые противоречия между рабочим классом и колхозным крестьянством, так как колхозы еще не являются вполне социалистической формой хозяйства" и что "колхозы лишь близки к социалистической форме хозяйства".
Бдительный секретарь рассмотрел в этом тезисе "троцкистский характер" и вынес этот вопрос на обсуждение парткома, где от В. А. Антонова-Овсеенко потребовали объяснений. Судя по записке, Владимир Александрович не дал "надлежащей большевистской развернутой критики этих ошибок" и не признал их "троцкистскими". Он пытался объяснить, что в своем выступлении сказал не о "классовых противоречиях" между рабочими и крестьянами, а просто о "противоречиях". Но секретарь продолжал "нажимать" на прокурора республики, в этом его поддержал присутствовавший на заседании парткома Н. В. Крыленко. Только тогда В. А. Антонов-Овсеенко признал, да и то с оговорками, что им допущена политическая ошибка.
Следующий вмененный ему "криминал" выглядел гораздо серьезнее. Спецколлегия краевого суда в марте 1936 года приговорила по части 2 статьи 109 и статье 58–10 УК РСФСР (контрреволюционная агитация) к 7 годам лишения свободы бывшего заведующего отделом агитации и пропаганды Балахинского РК ВКП(б) Сенаторова-Жирякова. Он обвинялся в том, что, читая лекции по истории партии на курсах сельских и городских пропагандистов и оглашая выдержки из так называемого завещания Ленина, извратил этот документ "в троцкистском контрреволюционном духе", сказав, что Ленин рекомендовал на пост Генерального секретаря ЦК ВКП(б) Зиновьева. Кроме того, Сенаторов-Жиряков в июне 1935 года на заводе "Труд" в разговоре с рабочим Озеровым о перебоях в снабжении хлебом якобы сказал, что бороться с подобными безобразиями надо путем забастовок. Кассационная инстанция Верховного суда РСФСР оставила приговор в отношении Сенаторова-Жирякова без изменений. Однако Антонов-Овсеенко с этим не согласился и опротестовал приговор в Президиум Верховного суда РСФСР. В своем протесте прокурор республики утверждал, что троцкистского толкования завещания Ленина со стороны Сенаторова-Жирякова материалами дела не установлено. Президиум Верховного суда РСФСР оказался не столь смелым, как прокурор, и отклонил протест.
Летом 1937 года В. А. Антонов-Овсеенко был отозван из сражающейся Испании в Москву, а 15 сентября назначен народным комиссаром юстиции РСФСР. К этому времени судьба его была фактически предрешена. Знал ли он об этом, догадывался ли, сказать трудно — скорее всего догадывался, так как внезапные вызовы для получения "нового назначения" тогда ничего хорошего не сулили. Он вернулся в Москву и сразу же с головой ушел в работу. Владимир Александрович жил в то время вместе с женой Софьей Ивановной и пятнадцатилетней падчерицей Валентиной на Новинском бульваре, в так называемом Втором доме Совнаркома. Он был женат в третий раз. Первая его жена умерла во время Гражданской войны от тифа, со второй брак не сложился, и они разошлись. У Владимира Александровича было четверо детей: сыновья Владимир и Анатолий, дочери Вера и Галина. С Софьей Ивановной они познакомились в конце 1920-х годов в Чехословакии.
В конце сентября 1937 года Софья Ивановна уехала в Сухуми на лечение. В письмах к жене Антонов-Овсеенко иногда касался своих служебных дел. В одном из них явственно звучали тревожные нотки. За день до ареста, 10 октября 1937 года, он писал: "…чувствую напряженность борьбы".
Предчувствия не обманули — В. А. Антонов-Овсеенко был арестован в ночь с 11 на 12 октября 1937 года. Ордер на арест был подписан заместителем наркома внутренних дел Фриновским. Сразу же были произведены обыски в его квартире, в служебном кабинете и на даче в поселке Николина Гора. Владимир Александрович был доставлен во внутреннюю тюрьму НКВД, а 13 октября 1937 года направлен в Лефортовскую, где он находился до 17 ноября. Затем его перевели в Бутырскую тюрьму. Там он содержался до 8 февраля 1938 года, потом вновь возвратили в Лефортовскую.
В тюрьме Владимира Александровича вызывали на допросы не менее пятнадцати раз, иногда по два раза в день, причем семь раз допрашивали по ночам. Наиболее продолжительным был первый ночной допрос 13 октября — он длился семь часов. Допрашивали Антонова-Овсеенко в основном работники госбезопасности Ильицкий и Шнейдерман. Первые двое суток он категорически отвергал все возводимые на него обвинения, говорил, что ни в чем не виноват, что допущена ошибка, и требовал от следователя предоставить ему "уличающие материалы". Затем, видимо, не выдержал нажима — появилось его короткое "признательное" письмо на имя Ежова. В нем Антонов-Овсеенко писал: "Контрреволюционный троцкизм должен быть разоблачен и уничтожен до конца. И я, оруженосец Троцкого, раскаиваясь во всем совершенном против партии и Советской власти, готов дать чистосердечные признания. Надо прямо сказать, что обвинение меня врагом народа правильно. Я на деле не порвал с контрреволюционным троцкизмом… Эта контрреволюционная организация ставила себе целью противодействие социалистическому строительству, содействие реставрации капитализма, что ее смыкало по существу с фашизмом… Я готов дать развернутые показания следствию о своей антисоветской, контрреволюционной работе, которую осуществлял и в 1937 году".
Можно с уверенностью предположить, что после вырванного у В. А. Антонова-Овсеенко признания он вновь отказался от своих показаний и стал все отрицать. Лишь этим можно объяснить тот факт, что, несмотря на неоднократные вызовы к следователю, протоколы допросов не составлялись. В них просто нечего было писать. Потом следователи все-таки заставили его вернуться к признательным показаниям.
Обвинительное заключение по делу В. А. Антонова-Овсеенко было составлено работником госбезопасности Ильицким и утверждено 5 февраля 1938 года заместителем Прокурора СССР Рогинским. Он обвинялся в том, что еще в 1923 году, работая начальником ПУРа, совместно с Л. Д. Троцким разрабатывал план вооруженного выступления против Советской власти, а затем, занимая должность полпреда в Чехословакии, Литве и Польше, вел "троцкистскую деятельность в пользу польской и германской военных разведок". Не забыт был и испанский период службы. В обвинительном заключении указывалось, что Антонов-Овсеенко вошел в организационную связь с германским генеральным консулом и фактически руководил троцкистской организацией в Барселоне в "борьбе против Испанской республики".
